RO系統采用交叉過濾而不是標準過濾，其中污染物被收集在過濾介質中。通過交叉過濾，溶液通過過濾器，或穿過過濾器，帶有兩個出口：過濾后的水單向流動，污染的水流向另一個方向。為了避免污染物積聚，交叉流過濾允許水掃除污染物積聚并且還允許足夠的湍流以保持膜表面清潔。

反滲透ro會從水中除去哪些污染物？反滲透能夠從進水中去除高溶解鹽（離子），顆粒，膠體，有機物，細菌和熱原。RO膜根據其尺寸和電荷排除污染物。任何分子量大于200的污染物都可能被正常運行的RO系統排斥。同樣，污染物的離子電荷越大，它越不可能通過RO膜。例如，鈉離子僅具有一個電荷（單價）并且不被RO膜以及例如具有兩個電荷的鈣排斥。同樣，這就是RO系統不能很好地去除CO2等氣體的原因，因為它們在溶液中不會高度離子化（帶電）并且分子量非常低。因為RO系統不會去除氣體，所以當CO 2轉化為碳酸時，滲透水可以具有略低于正常pH值的水平，這取決于給水中的CO 2水平。

對于大流量和小流量應用，反滲透在處理微咸水，地表水和地下水方面非常有效。使用反滲透水的行業的一些例子包括制藥，鍋爐給水，食品和飲料，金屬表面處理和半導體制造等等。